使用時機
防止魚卵被黴菌或細菌感染。
雖然亞甲藍對細菌、淡水白點蟲、淡水卵圓鞭毛蟲、吸蟲都有用，但是效果都只是一點點，只能減緩感染，但無法達到完善的治療效果，所以不推薦做為主要的治療藥劑，但若手邊無其他治療的選擇，也可以考慮使用。
作用機制
會和細胞壁和DNA結合，抑制與阻礙細胞壁的生成與DNA的複製，達到殺滅病原的效果。
注意事項
1. 對植物危險，但對甲殼類與軟體動物無害
亞甲藍對植物的毒性強，因此在水草缸中禁止使用。不過亞甲藍對無脊椎動物的傷害性小，所以在使用的時候不需要特別的把無脊椎動物移除。
2. 對硝化系統毒性高
亞甲藍對硝化細菌具有殺傷力，所以在使用的時候，一定要把過濾器關掉或是把生物濾材移出。
3. 必須要避光
亞甲藍照光會被分解，導致藥性下降，因使用亞甲藍作為治療藥劑的時候，必須要避光。但換句話說，當器材被亞甲藍染色的時候，只要照射強光，亞甲藍的顏色就會慢慢退去。
亞甲藍的種類
亞甲藍，別名甲烯藍，但在水族界中常常稱他為甲基藍。但事實上甲基藍只是一種染劑，他無法用於魚病的治療。我們真正要使用的藥物是亞甲藍。亞甲藍的粉末呈現藍色，但甲基藍的粉末呈現紅棕色，因此可以透過顏色就區分出自己使用的藥物種類。
亞甲藍因為藥效不佳，如果要拿來當作治療細菌或寄生蟲感染的藥物，常常會和其他種藥物合用，像是市面上的綠格林、黴菌剋星、細菌性剋星、Sera治細菌生蟲劑內都含有亞甲藍的成分。不過若是要用在預防魚卵發霉還是用單純的亞甲藍會比較好，因為其他的成分可能會影響魚卵的孵化率。
使用劑量
使用2ppm浸泡淡水剛孵出的魚卵可以預防黴菌感染，使用方式為每兩天給一次藥物，使用藥物水至少換水一半，連續使用三次即可。
亞甲藍的使用方式
亞甲藍溶液被活性碳或是底材吸附而喪失效果，因此若要使用亞甲藍則盡量使用裸缸。而亞甲藍也會造成塑膠材質的染色，因此若很介意矽利康的染色，則建議移出缸中後再使用。
副作用
此藥不會造成明顯的副作用
中毒反應
亞甲藍本身不會造成明顯的中毒反應，然而若不幸購買到品質較差的亞甲藍粉末，其中可能含有一些不純的物質，這些物質有可能會造成魚隻或魚卵的死亡。
