使用時機
治療水黴菌感染。雖然孔雀綠也有殺死原蟲的功效，但也不是非常完全的殺滅，加上其具有毒性與致癌性，因此不推薦使用。
作用機制
會產生非常活躍的電子去攻擊細胞內的脂肪與DNA，造成細胞膜通透性改變與DNA斷裂，最後造成細胞的死亡或突變。
注意事項
1. 在組織中的殘留時間很長
孔雀綠會長期的存在魚隻的內臟與脂肪裡，持續性的造成細胞的微量受損，若重複使用孔雀綠，對魚的身體傷害極大，因此不建議長期或重複的使用孔雀綠作為治療的手段。
2. 在酸性軟水中的毒性較強
孔雀綠在酸性的軟水中顏色會較深，作用也會比較強，甚至連有一些細菌都可以被其殺死，但也因此對魚的毒性也會比較強，所以在淡水中的使用孔雀綠必須要減量。
3. 溫度越高毒性越強
溫度高時，魚的呼吸速度會變快。孔雀綠是在魚隻呼吸的時候會產生毒性的物質，因此溫度越高，孔雀綠的毒性會越強。
4. 必須要避光
孔雀綠照光的時候會產生較多對魚有毒的物質，因此在使用孔雀綠對魚隻進行治療時，整個過程都最好避光。
5. 燈科魚、無鱗魚和小型海水魚對此藥敏感
小型或無鱗的魚類對孔雀綠的耐受性比較差，可能是因為其全身的細胞數量較少或是因為無鱗所以藥物吸收較多所導致。因此此類魚類就不適合使用孔雀綠進行治療。
6. 會造成塑膠的染色
孔雀綠的染色性非常的好，而且幾乎洗不掉。因此壓克力缸不建議使用孔雀綠進行治療。若很在意矽利康被染色的話，也不建議使用。
7. 有致癌與致畸胎性，使用時要做好防護
孔雀綠已經證實對哺乳動物具有致癌性與致畸胎性，也會造成多重內臟的受損，因此在使用的時候一定要戴口罩、手套，且孕婦也盡量不要進行此種操作。
8. 用完後要用活性碳吸附，才能倒除。
由於孔雀綠的毒性強烈，加上其穩定性在環境中不容易消除。因此在逼不得以需要使用此藥劑的狀況下，一定要好好的處理含有藥劑的水。孔雀綠可以被活性碳吸附，因此在下完藥的缸體，必須要使用活性碳在廢水中吸附至少兩天後，才能將含有藥劑的水排到下水道中。
孔雀綠的種類
市面上大多數可以購買到的孔雀綠都是孔雀綠的草酸鹽，他的顏色是綠色的。還有另一種孔雀綠是氯化鋅複鹽，這是呈現黃色的，這種孔雀綠對魚類的毒性極強，所以不能用在水產治療。
由於孔雀綠的毒性，因此若不是在化工行購買孔雀綠粉，而是想要購買含有孔雀綠的水族製劑的話，其製劑內的孔雀綠含量一定小於1%，而且這種製劑一定是以小包裝販賣。像是敵菌定和Sera淡水治體外寄生蟲劑就是低濃度的孔雀綠。而還有一些像是外寄生蟲剋星、細菌剋星、Sera綜合魚病治療劑、Sera淡海治白點劑這種藥劑，其成分中也含有低濃度孔雀綠用於預防或治療皮膚受傷導致的二次性感染。
使用劑量
治療水黴菌還有外寄生蟲感染
使用50~60ppm處理10~30秒。
使用1ppm處理30~60分鐘，如果pH比較高就使用2ppm處理30~60分鐘。
如果要長期浸泡則使用0.1ppm每三天給一次，連續使用三次。
也可以直接在傷口塗上100ppm的孔雀綠治療
孔雀綠的使用方式
要長期浸泡孔雀綠的使用劑量很低，導致其不好秤量。因此建議先以1000cc的水將0.1g的孔雀綠泡開後，再使用此溶液進行治療。如此1cc的含要溶液中就含有0.1mg的藥物，如果要在60公升的水中給0.1ppm的藥，就抽取60cc的含藥水溶液加入水中。
不過必須要注意的是孔雀綠在淡水中會緩慢的降解，因此泡開的水溶液最好不要存放超過1個月以上，而且存放的時候也要用不透光的容器或是以鋁箔紙將其包覆，避免藥物降解。
而沒有用完的藥水，也要以大量的活性碳吸附後，才能倒除，不可隨意拋棄。
副作用
會傷害魚鰓和魚的皮膚，並且影響魚的消化吸收，導致魚隻的生長狀況變差。長期使用對魚鰓和內臟的傷害很大，會導致魚隻虛弱容易感染其他其病。
中毒反應
會造成魚隻的呼吸抑制，以及皮膚發炎，最後因呼吸困難或是滲透壓失衡而死亡。
