使用時機
主要用於治療體外的寄生蟲，例如治療淡水斜管蟲、海水布魯克原蟲、淡水梨形四膜蟲、盾狀纖毛蟲、車輪蟲與淡水白點蟲感染。也可以讓海水卵圓鞭毛蟲從魚體上脫落。
雖然福馬林也可以殺死吸蟲與海水白點蟲，不過要達成治療效果的劑量對魚的傷害也比較大，因此不建議使用。
水黴菌因為不是黴菌，所以福馬林也具有一點效果，不過只在輕微感染的時候有效。福馬林對於細菌性疾病與黴菌性疾病的效果則是非常的差，而且對體內感染完全無效，所以在這些情況發生時都不建議使用福馬林治療。
作用機制
福馬林會使蛋白質凝固變性，所以可以用來殺滅寄生蟲。
但福馬林對細菌的效果不是很好，因為福馬林需要一段時間才能夠穿透細菌的生物膜，而這也是為什麼魚隻可以耐受福馬林的原因，因為福馬林需要一段時間才能夠達到比較深層的組織中。也因此福馬林只對身體表層的感染有效。
也因為福馬林會刺激魚的體表，造成魚隻體表的黏液大量分泌，有助於將魚體表的寄生蟲排除。
注意事項
1. 福馬林會搶奪氧氣
福馬林的本質為甲醛，甲醛是一種不穩定的物質，他容易被氧化成甲酸，因此他會搶奪水中的氧氣。當5ppm的福馬林完全被氧化的時候，就可以用掉水中1ppm的氧氣。所以在使用福馬林的時候一定要加強打氣。
而水溫越高福馬林被氧化成甲酸的速度就會越快，而且水溫越高氧氣量會越少，所以當水溫高於27度的時候，就不建議使用福馬林了。否則會造成魚隻嚴重的缺氧。
2. 福馬林需要避光保存而且不能冷藏
福馬林在遇到光或是低於5度時就會聚合成白色的三聚甲醛沉澱物。三聚甲醛對魚具有劇毒，所以當使用的福馬林出現白色沉澱物時，就最好棄置不用。而福馬林也最好保存在棕色瓶內，並且放在無光且陰涼的地方保存。
而同理在使用福馬林治療的缸體，最好也是避光治療，避免三聚甲醛產生。
3. 在酸性軟水中的毒性會比較強
福馬林在酸性的軟水中毒性會變得比較強，所以若水的pH越低或是硬度越低，使用的劑量就必須要越低，所以在這樣的環境中就只能用低劑量長時間的治療，而不能用高劑量短時間的處理。
4. 福馬林對人的黏膜有刺激性
福馬林對人的黏膜有刺激性，若被其蒸氣燻到會產生刺激疼痛感，尤其是眼睛、鼻子與呼吸道更為嚴重。若不小心接觸到皮膚，則有些人會產生過敏反應，因此使用福馬林時最好不要配戴隱形眼鏡，並且配戴手套與口罩，而且一定要在通風處操作，以防因福馬林而受傷。如果真的不小心接觸到福馬林，則立刻使用大量清水清洗。清洗後若仍有不適感則應盡速就醫。
5. 福馬林為致癌物質
福馬林為37%的甲醛溶液。甲醛已經被國際規範為致癌與致畸胎的物質，長期的低劑量接觸有可能會誘發呼吸道癌症與造成胎兒畸形或流產。因此除了要做好防護措施外，只有在有必要的時候才使用福馬林，千萬不可長期的使用福馬林作為預防疾病的手段。
6. 會讓氨檢測試劑失效
市面上的氨檢測試劑大多是用一種稱為納氏比色法的方式偵測。這個方式會受到醛類的干擾，而導致顯色異常。所以在使用福馬林進行治療時，使用氨檢測試劑並無任何意義。
7. 不能和強氧化劑一起用
福馬林很容易被氧化，所以福馬林與強氧化劑如果一起用的話，不只會讓福馬林變成無效的甲酸，也會讓強氧化劑失效。在魚缸中常用的強氧化劑包括過錳酸鉀、Chloramine-T、過氧化氫(雙氧水)、亞甲藍、臭氧。這些物質都不能與福馬林同時出現。
8. 使用的時候要把水草移出
福馬林對水草與藻類具有毒性。除了水草與藻類可能死亡外，受損的水草組織在腐爛的時候也會導致水質惡化與細菌增生。而水草與藻類的受損也會讓其製造氧氣的能力下降，導致水中缺氧。因為以上種種的因素，所以建議使用福馬林的環境中最好不要有水草存在。
9. 福馬林會傷害硝化細菌
福馬林具有殺菌的功能，尤其對生長速度緩慢的硝化細菌殺傷力更是強大。所以如果在主缸中使用福馬林，會導致硝化系統的崩潰，使得水質非常容易惡化。因此建議在沒有硝化系統的治療缸中使用福馬林治療，並且透過每日大換水的方式來維持水質，不要去依賴硝化細菌。
10. 軟骨魚類不能使用
軟骨魚在使用福馬林後1~72小時會出現不明原因的死亡，所以不能用福馬林治療軟骨魚類。
11. 魚體表有傷的時候只能使用低劑量
魚體表有傷的時候會因為黏膜受損，讓福馬林直接滲入魚的體內造成內臟損傷，所以當魚的體表有傷的時候，只能用低濃度的福馬林處理。
福馬林的種類
在定義上來說37%的甲醛就是100%的福馬林。不過因為甲醛為有毒物質，因此政府對濃度15%以上的甲醛有進行管制，需要申報之後才能購買。所以現在市面上可以買到的福馬林大多是14%的甲醛，也就是38%的福馬林。另外還有一種用來做組織固定用的10%中性福馬林，他是3.7%的甲醛與磷酸緩衝液所調配而成。如果要使用短時間高濃度的浸泡，則可以使用中性福馬林，而且因為其pH為中性，較不會影響水中的酸鹼。但是如果要長時間低濃度的浸泡，則會讓磷酸根被引入缸中造成藻類滋生，但福馬林又有殺滅藻類的功能，所以可能反而會導致水質的惡化，因此長時間低濃度的浸泡還是建議選擇一般的38%福馬林較好。
使用劑量
福馬林有低濃度與高濃度兩種用法。低濃度的福馬林指的是15ppm~30ppm的福馬林，高濃度的福馬林指得是125ppm~250ppm的福馬林，不過當水溫高於21度的時候，使用的福馬林劑量則不能超過167ppm，否則可能導致魚體受損。
若要讓海水卵圓從鰓上脫落，則是使用50ppm的福馬林處理1小時，或是用4ppm的福馬林處理7小時都可以。這是與其他原蟲處理較不同的部分。
福馬林的使用方式
高濃度的福馬林在使用上最多只能使用一個小時，實際上的使用時間則是觀察魚隻反應決定，當魚隻出現躁動、呼吸急促或是想要跳離水體時，就代表福馬林開始傷害魚體，此時就應該把魚隻撈回乾淨無福馬林的水中，並且加強打氣使其靜養24~48小時後，才能再進行第二次的處理。通常需要重複2~3次才能完成治療。
低濃度的福馬林則是可以浸泡24小時後，再將水換掉一半。換水後24小時再次給藥治療。也是要重複2~3次才能完成治療。
在感染比較急性的情況下，可以第一次治療使用高濃度短時間處理，快速殺掉大部分的寄生蟲，休息後再用低濃度長時間處理兩次以較溫和的劑量處理剩餘的寄生蟲使用。
但如果魚隻的鰓或體表有嚴重受損、水偏酸偏軟或是水溫偏高，則只能使用低濃度長時間的處理，否則對魚的傷害會太強烈，導致藥傷。
副作用
福馬林會刺激魚的鰓，導致鰓絲輕微受損。這使得福馬林處理完後的魚都需要特別的加強打氣，減少缺氧的情況。若劑量較高，則魚的體表則會有大量黏液分泌。這些黏液伴隨著硝化系統的受損可能會導致水質急速惡化，因此使用高劑量的福馬林都建議要移出居住缸中處理，處理完後再將魚撈回無黏液的乾淨缸體中飼養。
中毒反應
福馬林濃度過高一開始魚隻會出現激動、暴衝、呼吸急促與跳離水面的現象，此時將魚移到乾淨的水中加強打氣通常魚隻都可以自行復原。但若繼續將魚放在福馬林中則會導致魚的體表受損、鰭末端的皮膚脫落與眼球白濁。而肝臟也會因為代謝大量的甲醛而嚴重受損變白。鰓則因為嚴重的損害也會變得蒼白。有時魚的眼球與鰭也會出現充血的現象。此時就只能依靠大量的換水與加強打氣，並且在水中添加廣效型抗生素避免細菌感染發生，然後祈求魚隻可以耐過這一波的衝擊。
