使用時機
消毒設備、水體、缸體、生餌。雖然也有人用於治療魚隻蝦蟹的疾病，但不同魚種對二氧化氯的耐受度皆不同，而且目前沒有明確的實驗數據因此不推薦使用。
作用機制
雖然二氧化氯的名字中有氯，但他消毒的機制與氯系消毒劑完全不同。二氧化氯其實是屬於氧系的消毒劑，與臭氧或雙氧水的作用機制相同。二氧化氯是一種強氧化劑，因其分子小，所以可以快速的滲透到病原的內部，氧化病原的蛋白質、脂肪、RNA與DNA造成病原的死亡。
也因為二氧化氯有強烈的氧化作用，因此其可以氧化臭味分子與色素，使其成為無色無味的物質，因此可以達到除臭脫色的功能。
注意事項
1. 在鹼性環境中消毒效果較好
二氧化氯在鹼性環境中的消毒能力會比酸性環境好，不過其在pH>6以上的水體中表現得都很不錯，因此在大部分的海水缸與淡水缸都可以使用。
2. 性質不穩定，容易被分解
二氧化氯為強氧化性，會因為熱與光就被分解掉，而有機物存在的情況下也會降低其殺菌能力。因此在使用此藥物的時候一定要避光使用，而且使用的藥劑需新鮮配置，不能放置太久。
3. 溫度低時的消毒能力會變差
二氧化氯的氧化能力會受到溫度影響，越高溫氧化能力越強，不過溫度太高的話可能會產生爆炸的現象，因此不能用在熱水中消毒。但也因為溫度低的時候效果會變差，所以如果要拿來消毒生餌或是食物，務必要等到食物退冰後恢復常溫後，再加入二氧化氯消毒。
4. 高濃度對皮膚有刺激性
高濃度的二氧化氯對呼吸道與皮膚都有刺激性，因此在配置的時候最好攜帶口罩與手套。
二氧化氯的種類
因為二氧化氯性質不穩定，因此目前市面上買得到的二氧化氯都是其前驅物質，必須要加工酸化後，才會變成有效的二氧化氯。
顆粒狀的二氧化氯是將酸性物質與二氧化氯的前驅物放在一起乾燥壓縮成型，因此只要加水泡開就可以使用。
而另一種有分AB液的二氧化氯製劑則是一罐是二氧化氯前趨物，一罐是酸性物物質，使用前再把兩罐液體混合，就可以得到二氧化氯。
但不論是何者，在使用的時候都會有酸性物質參與其中，因此在硬度比較低的水裡可能會造成pH震盪，所以在使用二氧化氯製劑消毒完水體後，必須要檢測pH值，以防pH值因為二氧化氯的消毒而產生變化。
市面上有一款治療淡水白點的藥物，其名稱為滅白點，其成分就是二氧化氯。因為二氧化氯可以殺死寄生蟲，因此一定有的療效，但問題還是一樣，實驗的數據太少，某些體質比較強健的魚可以嘗試使用，但太嬌貴的魚就還是使用老方法加溫+粗鹽就可以達到差不多的效果。
使用劑量
消毒水體時使用的劑量為0.1~0.3ppm
消毒器械則使用稀釋500倍的二氧化氯原液噴灑。
二氧化氯的使用方式
二氧化氯因為很不穩定，所以一定要現用現泡，而且在使用的時候要避免高溫與強光的環境。如果有明顯的有機物堆積，則先使用清水將看得見的有機物去除後再行使用效果會更好。
使用結束後，若擔心有殘留的問題，使用強光照射、海波(硫代硫酸鈉)或活性碳也可以消除水中多於的二氧化氯。
副作用
二氧化氯對魚隻的體表與鰓具有刺激性，因此可能會出現呼吸急促與浮頭等呼吸困難的現象。
中毒反應
高濃度的二氧化氯具有刺激性與腐蝕性，因此魚隻在中毒時會出現激動與體表和魚鰓受損現象。
